Mengelola referensi pada masa lalu merupakan pekerjaan yang sangat membosankan dan memakan banyak waktu. Di masa lalu para peneliti/penulis pada umumnya melakukan kegiatan manajemen referensi secara manual. Referensi digunakan dalam artikel atau buku dicatat pada kartu indeks dan disimpan dalam kotak. Bisa dibayangkan bagaimana kegiatan ini banyak menyita waktu penulis apalagi referensi yang digunakan mencapai puluhan bahkan ratusan.  

Saat ini banyak pilihan perangkat lunak manajemen referensi yang bisa digunakan. Perangkat lunak manajemen referensi memungkinkan kita untuk menata referensi koleksi pribadi dari publikasi ilmiah yang kita miliki secara digital. Pekerjaan mengelola referensi bisa dilakukan dengan cara yang menyenangkan, bahkan ketika kita dalam perjalanan sekalipun dengan bantuan gawai bergerak seperti handphone.

Perangkat lunak yang paling awal dikembangkan untuk mengelola dan menambahkan referensi ke manuskrip diantaranya adalah “Reference Manager” yang diluncurkan pada tahun 1984 oleh Thomson Reuters, kemudian disusul oleh “EndNote” dan “Bookends” yang sama-sama dikenalkan pada tahun 1988. Mendeley sendiri mulai diluncurkan ke publik pada bulan Agustus 2008 oleh Pengembangnya dengan versi Beta.

Walaupun sudah menggunakan perangkat lunak berbasis komputer, referensi yang akan dikelola masih diinput secara manual dengan diketik tangan. Baru pada sekitar tahun 2008 perangkat lunak manajemen referensi ini mengalami perkembangan signifikan. Input data tidak lagi harus diketik tangan tetapi bisa membaca informasi referensi dari basis data daring. Selain itu perangkat juga bisa membaca metadata file PDF yang akan dimasukkan.

Hampir semua manajer referensi memiliki fasilitas pengimporan langsung dari basis data bibliografi melalui akses langsung dari pengelola referensi dan atau mengimpor konten (metadata) dari perambaan web. Selain itu, referensi dapat diimpor dari perangkat manajer referensi lain atau dari file dalam format standar BibTeX dengan bantuan fasilitas impor.

Data referensi kemudian dapat dicari, diindeks, dan diberi label. Kebanyakan manajer referensi menawarkan alat untuk mengatur referensi ke dalam folder dan subfolder. Beberapa manajer referensi memliliki fitur penyertaan file teks lengkap dalam format PDF. Data referensi juga dapat dibagikan ke  teman melalui internet dan diatur ke dalam kelompok kerja sehingga semua anggota dapat menggunakan basis data referensi yang sama.

Ada beberapa pilihan perangkat lunak manajemen referensi yang dapat kita gunakan, jumlahnya mencapai puluhan. Setiap perangkat punya kekuatan sekaligus kelemahan. Para penulis juga mempunyai banyak pertimbangan dalam memilih. Kekuatan dan kelemahan perangkat lunak manajemen referensi akan dirasakan berbeda tergantung pada kebiasaan, perangkat yang digunakan serta alur kerja masing-masing pengguna. Tentunya faktor popularitas juga memegang peranan penting seseorang memilih perangkat manajemen referensi. Mendeley merupakan salah satu leader dalam hal ini selain banyak kelebihan lain. Bila dibandingkan dengan perangkat tak berbayar lain bisa dikatakan Mendeley adalah juaranya.